Annexe 7 : Puissance statistique a posteriori des tests d’association pour chaque facteur environnemental et chaque gène, par le logiciel QUANTO
Référence du logiciel : Gauderman WJ. Sample size requirements for matched case-control studies of gene-environment interaction. Stat Med. 2002;21:35-50
Puissance statistique pour les tests d’association avec chaque facteur environnemental étudié
Paramètres requis par QUANTO
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Consommation maternelle d’alcool
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Exposition professionnelle aux solvants
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En période péri-conceptionnelle
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Au premier trimestre de grossesse
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Tout solvant
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Solvants chlorés
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Effectif†
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236 témoins
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236 témoins
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187 témoins
|
187 témoins
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Prévalence de l’exposition dans la population*
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0.29
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0.13
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0.40‡
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0.02‡
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Risque de base de la maladie dans la population
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0.0014
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0.0014
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0.0014
|
0.0014
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Puissance statistique estimée pour détecter un risque relatif de maladie associé à l’exposition de :
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1.25
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20%
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14%
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19%
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1.50
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54%
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36%
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49%
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1.75
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82%
|
61%
|
77%
|
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2.00
|
95%
|
81%
|
91%
|
20%
|
5.00
|
|
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88%
|
8.00
|
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99%
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Estimation du risque dans l’application
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≈1.5
|
≈1.7
|
≈1.7
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≈8
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Note : Compte-tenu des contraintes de QUANTO, les valeurs choisies des paramètres sont approximées par rapport aux valeurs observées dans chaque application. Le risque d’erreur de première espèce est fixé à 0.05.
* Calculée à partir de la population de témoins
† Pour un schéma d’étude cas-témoins non apparié, le ratio cas :témoin est 1 :1
‡ Sur la population des femmes ayant une activité professionnelle au 1er trimestre de grossesse
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Puissance statistique pour les tests d’association avec chaque gène étudié
Paramètres requis par QUANTO
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ADH1C
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MTHFR
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CYP2E1
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GSTM1
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GSTT1
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Schéma d’étude*
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Cas-Parents
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Cas-témoins / Cas-Parents
(non appariés)
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Cas-Parents
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Cas-témoins (non appariés)
|
Cas-témoins (non appariés)
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Effectif
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174 triades
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146 témoins / 124 triades
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175 triades
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165 témoins
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165 témoins
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Mode de transmission de l’allèle†
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Dominant
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Récessif
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Dominant
|
Dominant
|
Récessif
|
Récessif
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Fréquence de l’allèle d’intérêt dans la population‡
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0.40
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0.44
|
0.44
|
0.05
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0.75§
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0.42§
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Risque de base de la maladie dans la population
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0.0014
|
0.0008
|
0.0008
|
0.0014
|
0.0014
|
0.0014
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Puissance statistique estimée pour détecter un risque relatif de maladie associé à l’allèle d’intérêt de :
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0.20
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99%
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98% / 97%
|
99% / 99%
|
88%
|
99%
|
98%
|
0.50
|
92%
|
55% / 54%
|
82% / 81%
|
39%
|
88%
|
56%
|
1.50
|
45%
|
31% / 31%
|
34% / 32%
|
23%
|
43%
|
32%
|
2.00
|
86%
|
73% / 74%
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72% / 69%
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59%
|
85%
|
75%
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Estimation du risque dans l’application
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≈0.6
|
≈0.9 / ≈0.9
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≈0.6 / ≈0.75
|
≈0.3
|
≈0.9
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≈1.2
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Note : Compte-tenu des contraintes de QUANTO, les valeurs choisies des paramètres sont approximées par rapport aux valeurs observées dans chaque application. Nous considérons ici le gène de l’enfant. Le risque d’erreur de première espèce est fixé à 0.05.
* Pour un schéma d’étude cas-témoins non apparié, le ratio cas :témoin est 1 :1
† Dominant, récessif ou hypothèse multiplicative
‡ Calculée à partir de la population de témoins
§ Sachant a fréquence du génotype homozygote Null dans la population témoins, la fréquence de la délétion est calculée à partir de l’équilibre p²+2pq+q²
# Sur la population des femmes ayant une activité professionnelle au 1er trimestre de grossesse
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Résumé
Les fentes orales sont des malformations congénitales d’origine complexe, dépendant à la fois d’expositions environnementales et d’influences génétiques. L’objectif général de ce travail est la recherche d’interactions gène-environnement dans leur étiologie.
Ce projet s’appuie sur une étude épidémiologique cas-témoins menée en France (1998-2001, 240 cas-236 témoins) intégrant un schéma d’étude cas-parents. Il présente les méthodes statistiques à ce jour disponibles pour évaluer une interaction gène-environnement selon les deux schémas d’étude. Un modèle spécifique est utilisé pour différencier les effets du génotype de l’enfant de celui de la mère.
Les applications de ce projet s’intéressent au gène ADH1C et à la consommation maternelle d’alcool, au gène MTHFR et à l’apport en folates de la mère, et à l’exposition professionnelle de la mère aux solvants organiques en interaction avec des gènes de métabolisme/détoxication tels que CYP2E1, ADH1C, GSTM1 et GSTT1.
Mots-clés : fente orale, environnement, gène, interaction, cas-témoins, cas-parents, épidémiologie
Abstract
Oral clefts are congenital anomalies with a complex origin, which appears to be determined both by environmental exposures and genetic influences. The purpose of this work is to explore gene-environment interactions in their etiology.
This epidemiological project is based on a case-control study, conducted in France between 1998 and 2001 (240 cases, 236 controls), which incorporates a case-parents design. Recent statistical models available for the evaluation of gene-environment interactions are described. A specific model is used to distinguish the effects of the child’s and maternal genotypes. .
Applications of this project focus on ADH1C gene and maternal alcohol consumption, MTHFR gene and maternal folate intake, and maternal occupational exposure to organic solvents and genes involved in the metabolism/detoxification processes such as CYP2E1, ADH1C, GSTM1 and GSTT1.
Key-words : oral cleft, environment, gene, interaction, case-control, case-parent, epidemiology
U625 Inserm – Groupe d’Etude de la Reproduction chez l’Homme et les Mammifères (GERHM) – IFR 140.
Campus de Beaulieu, Université de Rennes I, 35042 RENNES cedex.
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