Recherches en génomique animale








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Efficacité Globale de l’Elevage des Ruminants

Recherches en génomique animale
à conduire sur 2014-2017


Intérêt et conditions d’une contribution financière des filières animales à
travers APIS-GENE



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Sommaire


1Contexte général 4

1.1Rappel historique 4

1.2Un Challenge majeur à relever pour l’élevage des ruminants : produire plus et mieux avec moins 5

1.3La dynamique d’AGENAE 3 6

1.3.1Outils et opportunités 6

1.3.2Les enjeux scientifiques 6

1.3.3Une compétition internationale exacerbée 8

1.3.4Les atouts structurels d’AGENAE 3 8

2Le périmètre d’intérêt d’APIS-GENE en matière de R&D 8

3Les questions de recherche prioritaires pour APIS-GENE 10

3.1L’efficacité alimentaire et la maîtrise des rejets 10

1.1.1Précision sur la définition de ce champ 10

1.1.2Les apports attendus pour la filière et les questions de recherche attachées 11

1.1.3La contribution financière d’APIS-GENE 12

3.2L’efficacité reproductive et la survie des jeunes 12

3.2.1Précision sur la définition de ce champ 12

3.2.2Les apports attendus pour la filière et les questions de recherche attachées 13

3.2.3La contribution financière d’APIS-GENE 13

3.3La santé et le bien-être animal 14

3.3.1Précision sur la définition de ce champ 14

3.3.2Les apports attendus pour la filière et les questions de recherche attachées 15

3.3.3La contribution financière d’APIS-GENE 16

3.4Un animal durable 17

3.4.1Précision sur la définition de ce champ 17

3.4.2Les apports attendus pour la filière et les questions de recherche attachées 17

3.4.3La contribution financière d’APIS-GENE 17

3.5La qualité intrinsèque, compositionnelle et sanitaire des produits 18

3.5.1Précision sur la définition de ce champ 18

3.5.2Les apports attendus pour la filière et les questions de recherche attachées 18

3.5.3La contribution financière d’APIS-GENE 19

4Autres conditions d’éligibilité au financement d’APIS-GENE 19

5Mise en œuvre de ces axes de recherche 20

5.1Les 3 niveaux d’intervention d’APIS-GENE 20

5.2Répartition stratégique des 3 niveaux d’intervention 21

5.3Programmation dans le temps de la mobilisation de ces moyens 21


1Contexte général

1.1Rappel historique


Dans les années 90, les progrès scientifiques et technologiques ont permis l’essor de la génomique dans de nombreuses filières. La connaissance du génome a été considérée par l’INRA comme la clé de la compréhension de la physiologie des animaux, permettant des avancées significatives en sélection, système de production et santé.

L’INRA a donc, avec les filières professionnelles, créé le Groupement d’Intérêt Scientifique pour l’Analyse du GENome des Animaux d’Elevage (GIS AGENAE), réunissant les acteurs de la recherche Publique (Inra - Cirad - Ifremer…) et les Filières professionnelles (APIS-GENE, Bioporc, Agenavi, Cipa). L’objectif de ce GIS est de faire émerger des projets de recherche finalisés en génomique et avoir un effet de levier par l’organisation de cofinancements.

Pour les filières de ruminants, la Société par action simplifiée « APIS-GENE » a été créée avec quatre ambitions : déterminer des priorités professionnelles, orienter les programmes de recherche, cofinancer ou financer les programmes de recherches finalisées et valoriser, transférer les innovations qui en découlent.

APIS-GENE regroupe les professionnels des filières ruminants : 4 financeurs principaux, le CNIEL (filière lait), Interbev (filière viande), Allice – ex UNCEIA (reproduction-sélection) et la CNE (production) ainsi que l'Institut de l'élevage (expertise technique), FCEL (conseil en élevage) et NEOVIA - ex INVIVO NSA (nutrition).



Au travers du partenariat public-privé du GIS AGENAE, APIS-GENE participe depuis 2003 au financement des programmes de recherche intégrés à un projet scientifique ambitieux : la connaissance du génome des animaux d’élevage. Depuis 13 ans, APIS-GENE finance des programmes finalisés, répondant aux besoins des professionnels de la sélection comme à ceux des filières aval.

La première convention du GIS (2002-2007) a vu la mobilisation de 5,8 M€ de fonds professionnels en plus de la mise à disposition du matériel biologique. La deuxième convention du GIS (2008-2012 et prolongation en 2013) a permis de lever 6,1 M€ auprès des actionnaires.

Ces fonds ont contribué à financer 80 programmes de recherche pour un montant de 35 M€, dont 57 ont bénéficié d’un soutien financier d’APIS-GENE pour un montant de 13,5 M€.

Ces recherches portant sur toutes les fonctions physiologiques d’intérêt ont, d’une part, permis, par exemple, l’acquisition de connaissances sur la structure du génome de différentes espèces, les mécanismes de synthèse et de transport de la matière grasse ou encore les mécanismes de résistance naturelle aux maladies. D’autre part, elles ont contribué au développement de méthodes et d’outils technologiques comme la sélection génomique et son extension multiraciale, l’imputation, diverses puces de typage et d’expression, des bases de données ou des biobanques de tissus ou d’ADN. De nombreux marqueurs ou gène d’intérêt ont pu être identifiés, comme le gène culard chez le mouton Texel, le gène responsable du Syndrome d’Hypoplasie Généralisée Capréoliforme (anomalie SHGC dite « tête de chevreuil ») en race Montbéliarde, les gènes sans corne ou cornes branlantes, des marqueurs précoces d’infection mammaire, de qualité du sperme ou de la viande.
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